Opgavebeskrivelse
Redegør for opbygning og funktion af molekylerne RNA og DNA med særligt fokus på de kemiske bindinger.
Forklar på baggrund af dette, hvad PCR er for en proces og foretag i denne forbindelse en analyse og diskussion af fordele og ulemper ved PCR-baserede tests for COVID-19 i forhold til immunologiske tests for COVID-19. Inddrag i denne forbindelse kort eget forsøg med PCR.
Slutteligt ønskes en gennemgang af, hvordan mutationer i COVID-19 vira kan påvises med Oxford Nanopore real-time DNA-sekventering. Diskuter og vurder, hvad denne viden kan anvendes til.
Indledning
En af de ting alle os levende organismer har til fælles er at vores genetiske kode findes i form af DNA eller RNA. Fra mennesker til det mindste virus.
Med nutidig teknologi er det blevet muligt at aflæse nukleotiderne i både DNA og RNA. Rækkefølgen af nukleotiderne er blot ikke bare en rækkefølge.
De kan fortælle os mere end et tusind ord. De kan fortælle os hvor vi stammer fra, hvor mutationer er opstået og hvor meget to arter ligner hinanden genetisk set.
Vi har udført eksperimentelt arbejd for at komme nærmere på, hvordan replikationen i en PCR-maskine fungerer og sekventeringen af et stykke DNA.
Ved anvendelsen af litteratursøgning er der fundet relevante undersøgelser i forhold til emnet og information til DNA’ets strukturelle opbygning.
Indholdsfortegnelse
Indledning…………………………………………………………..……………..1
DNA’s struktur…………………………………………………………………….1-2
DNA og RNA’s funktioner…………………………………………………….3
RNA’s struktur…………………………………………………………………….3
PCR-processen…………………………………………………………………….4
Fordele og ulemper ved immunologiske tester……………………5-6
Mutationer i Covid 19 vira…………………………………………………..6-7
Konklusion…………………………………………………………………………..7
Optimer dit sprog - Læs vores guide og scor topkarakter
Uddrag
De fire nitrogenholdige baser i DNA adenin, thymin, guanin og cytosin kan ikke binde sig til hvilken som helst anden base. Adenin kan kun bindes til thymin og guanin bindes til cytosin.
Det kalder man for baseparringsprincippet. De nitrogenholdige baser er lidt forskellige i forhold til hinanden og pga. deres kemiske strukturer er det ikke muligt for fx thymin og cytosin at binde sig sammen.
Baserne opdeles i to typer, altså puriner og pyrimidiner. Thymin og cytosin tilhører typen pyrimidiner fordi de indeholder kun en seksleddet ring struktur.
Ringen består af 4 carbonatomer og 2 nitrogenatomer. De 6 atomer er bundet sammen af kovalente bindinger, da både carbon og nitrogen er ikke-metaller.
Og deres elektronnegativitetsforskel overskrider ikke 2. Den anden type som er puriner, blandt andet indeholder adenin og guanin.
Puriner har også en seksleddet ring, men med en ekstra femleddet imidazolring sammensat med den seksleddede. Ringene i puriner er dog også holdt sammen af kovalente bindinger ligesom i pyrimidinerne .
Den anden betragtelige forskel imellem de nitrogenholdige baser, der findes i DNA, er måden de er bundet sammen på.
Baseparrene guanin og cytosin danner tre hydrogenbindinger imellem sig, imens at der er kun to hydrogenbindinger imellem adenin og thymin .
Dannelsen af dobbelt helixstrukturen opstår pga. phosphatgrupperne, som er de orange cirkler i figur 2.
Phosphatgrupperne kaldes også for rygraden af DNA’et, da grupperne opretholder dens dobbelte helixstruktur.
Uden phosphatgrupperne ville 2-deoxyriboserne ikke kunne hænge sammen. I figur 2 kan man se at strengene er antiparallelle.
Det kan ses på bogstaverne i baseparrene, der vender omvendt i forhold til hindanen og enderne er forskellige. 2-deoxyriboserne er bundet sammen af phosphatgrupperne ved deres 3. og 5. carbonatom.
Enden af strengene, hvor der er en OH-gruppe bundet til det 3. carbon i 2-deoxyribose kaldes for 3’-enden. De to ender med en phosphatgruppe bundet til det 5. carbonatom kaldes så for 5’enden.
Dvs. at enderne er opkaldt efter hvilket carbonatom det sidste led er bundet til. Enderne benyttes til at holde styr på hvilken vej strengene vender eller hvis man skulle angive basernes rækkefølge. Man starter altid med at aflæse baserne fra 5’-enden til 3’-enden.
---
Sukkerenheden i RNA er ribose, hvor derimod DNA indeholder deoxyribose. Ribose har også den femleddet struktur ring.
Strukturelt er de meget ens, men deoxyribose mangler et oxygenatom der er bundet til hydrogen ved det 2. carbonatom i ringen.
De nitrogenholdige baser i RNA er også forskellige fra DNA. Baserne der fremkommer i RNA er adenin, uracil, guanin og cytosin.
Dvs. i stedet for thymin fremgår uracil på RNA-strengen. Det forhindrer dog ikke adenin at binde sig med uracil, dermed kan baseparret U-A dannes.
Den største forskel er at RNA er enkeltstrenget, imens DNA er dobbeltstrenget. Det medfører til at RNA kun har en 5’-ende, en 3’-ende og baserne er også uparrede .
Skriv et svar